Os recursos destinados aos projetos do Proadi-SUS são provenientes dos próprios hospitais participantes, como contrapartida à imunidade tributária prevista na legislação para instituições filantrópicas.
Essa imunidade refere-se às contribuições da seguridade social, como COFINS, PIS e a cota patronal do INSS. Em vez de recolher esses tributos, os hospitais direcionam valores equivalentes para a execução de projetos que promovem melhorias na gestão
de instituições públicas.