Mapa Genoma Brasil: saúde de precisão em oncologia e cardiologia no SUS

SUBPROJETO I - ONCOLOGIA:

A população será composta por 1900 casos-índice entre homens e mulheres com idade igual ou superior a 18 anos, não aparentados entre si, com diagnóstico de câncer de mama, próstata ou colorretal, com anátomo patológico positivo, divididos em dois grupos:

Grupo 1 - serão incluídos 1700 casos índices com diagnóstico de câncer de mama, próstata ou colorretal, derivados de todos os centros participantes, para realização de WGS germinativo (sangue periférico/saliva).

Grupo 2 - serão incluídos 200 casos-índices para realização do exame WGS germinativo (sangue/saliva) pareado com WES somático (exoma do tecido tumoral). Esses casos serão coletados nos centros participantes localizados no estado de São Paulo, visando a maior estabilidade e qualidade das amostras a serem analisadas, possibilitando armazenamento futuro do material excedente dessas amostras em biobanco.

Para todos os 1900 casos-índices será realizado o mapeamento do perfil clínico, epidemiológico, familiar e genético por meio da estruturação de um banco de dados prospectivo. As variantes germinativas patogênicas (ou provavelmente patogênicas) identificadas em genes de predisposição hereditária ao câncer serão também rastreadas em até quatro (04), totalizando 1520, familiares de todos os casos-índices dos dois grupos de estudo, através de sequenciamento de Sanger (sequenciamento por eletroforese capilar). Será ofertado aconselhamento genético a todos os voluntários.

Objetivos:

• Estabelecer, validar e incorporar às linhas de cuidado e manejo clínico, estratégias de medicina de precisão individualizada doenças oncológicas.
• Realizar aconselhamento genético pré e pós teste genético aos participantes e familiares, pautado na identificação de variáveis para câncer familiar, propiciando o estabelecimento do score de risco para doenças oncológicas.
• Caracterizar o perfil clínico, epidemiológico, familiar, equidade e vulnerabilidade social, o rastreamento e frequência de variantes gênicas de pacientes oncológicos e seus familiares.
• Estabelecer banco de dados com informações genéticas, clínicas, epidemiológicas da população estudada com doença oncológica que serão incorporados ao banco de dados do Programa Genomas Brasil.
• Testar a custo-efetividade da implementação de diagnóstico molecular para doenças oncológicas em pacientes do SUS.

SUBPROJETO II – CARDIOPATIAS GENÉTICAS

A população será composta por 4000 indivíduos com diagnóstico clínico de uma das seguintes doenças: cardiomiopatias, arritmias, dislipidemias, vasculopatias, valvopatias e cardiopatias congênitas.

Para os casos-índices das cardiomiopatias, arritmias, dislipidemias, valvopatias e vasculopatias o método de escolha para investigação será o sequenciamento total do exoma (WES) por conta da relação de custo-benefício com o sequenciamento de painéis gênicos. A investigação será complementada pelas análises de MLPA para as dislipidemias e cardiopatias congênitas. O rastreamento familiar em cascata dos até 8000 familiares, quando necessário, será realizado por sequenciamento pelo método de Sanger. Nos casos de cardiopatias congênitas o sequenciamento de genoma completo (WGS) é o mais indicado para examinar as regiões alvos não codificadoras que poderão estar envolvidas. Será ofertado aconselhamento genético a todos os voluntários.

Objetivos:

• Estabelecer, validar e incorporar às linhas de cuidado e manejo clínico, estratégias para determinar a base molecular associada às doenças cardiovasculares em modelo de medicina de precisão individualizada.
• Realizar aconselhamento genético pré e pós teste genético aos participantes e familiares, com profissional médico especializado.
• Caracterizar o perfil clínico, epidemiológico e familiar, bem como identificar e rastrear variantes em pacientes cardiopatas e seus familiares para determinar o espectro e frequência de variantes encontradas na população avaliada.
• Estabelecer banco de dados com informações genéticas, clínicas, epidemiológicas da população estudada com cardiopatias; que serão incorporados ao banco de dados do Programa Genomas Brasil.
• Testar a custo-efetividade da implementação de diagnóstico molecular para doenças cardiovasculares em pacientes do SUS.

SUBPROJETO III - CARDIOLOGIA POPULACIONAL

Serão utilizados dados, feitas análises e sequenciamento de DNA (WGS) de até 11.700 indivíduos da população ELSA Brasil para estimar o efeito das variantes genéticas nos fenótipos cardiovasculares quantitativos e qualitativos (Genome Wide Association studies – GWAs). Estes dados servirão de base para estimativa dos escores de risco poligênico propostos por meio da ferramenta LDPred2.

A acurácia preditiva dos algoritmos será avaliada de maneira padrão utilizando outras amostras populacionais locais (e.g. Corações de Baependi e Epigen Pelotas) e europeias (e.g. UK biobank). As diferenças de prevalência de variáveis categóricas entre os decis de maior e menor risco genético serão avaliados por qui-quadrado. A razão de chances da ocorrência de doenças cardiovasculares no decil de maior risco versus de menor risco será avaliada por regressão logística multinomial.

Objetivos:

• Alimentar banco de dados com informações genéticas, clínicas, epidemiológicas da população estudada para implementar os estudos de GWAS e de avaliação dos escores de risco poligênico.
• Selecionar e analisar variantes genéticas comuns do genoma completo de até 11.700 amostras sequenciadas.
• Desenvolver análises para estimar o efeito das variantes genéticas nos fenótipos cardiovasculares quantitativos e qualitativos de interesse em saúde cardiovascular por meio de associações com o genoma completo (Genome Wide Association studies – GWAs).
• Desenvolver abordagens computacionais de escore de risco poligênico, associação de genótipo-fenótipo de variantes raras e priorização de variantes de interesse clínicos para doenças cardiovasculares com dados genéticos, epidemiológicos, clínicos e laboratoriais da população brasileira da coorte ELSA Brasil.

SUBPROJETO IV – QUALIFICAÇÃO DE PROFISSIONAIS DA SAÚDE EM SAÚDE DE PRECISÃO:

Serão ofertadas 1200 vagas para profissionais da saúde (médico, enfermeiro, biomédico, farmacêutico, biólogo e agente comunitário) em 6 cursos de capacitação e 3 workshops relacionadas a temática do projeto e distribuídos ao longo do triênio 2024-2026:

1. Coleta e Registro de Dados em Medicina Genômica
2. Aconselhamento Genético em Medicina Genômica
3. Introdução à Genética e Genômica: ênfase em oncogenética e cardiogenética.
4. Bioinformática, análise e interpretação de dados em Medicina Genômica
5. Pesquisa clínica e boas práticas em genética e genômica
6. O papel da Genética e Genômica na Saúde: Foco em oncologia e cardiologia
7. Workshop: Os impactos da Inteligência artificial para a Genética e Genômica
8. Workshop: A importância do ESG para a Genética e Genômica
9. Workshop: Bioinformática, análise e interpretação de dados em Medicina Genômica

Para as equipes dos centros parceiros que serão responsáveis pela inclusão de pacientes e familiares nos subprojetos I e II será oferecido o programa de treinamento (cursos 1 e 2)  com o desenvolvimento de competências básicas e específicas. Essas competências possibilitarão o recrutamento de voluntários, coleta de amostras e orientação dos indivíduos e familiares a respeito do risco genético.

Objetivos:

• Desenvolver um processo de qualificação técnica de equipes que atuam na atenção básica e especializada no SUS para o reconhecimento, identificação e razão da predisposição hereditária.
• Continuar um repositório de objetos de aprendizagem em medicina genômica e saúde de precisão para a educação em saúde e educação permanente.
• Realizar treinamento imersivo em aconselhamento genético.